避孕套除了有很好的避孕作用外，還起到男女生殖器官的部分隔離作用，從而可以防止多種疾病傳播。

    預防異位妊娠︰異位妊娠又稱宮外孕。因避孕套能阻止精子進入陰道，所以不會懷孕，也就不會發生宮外孕。

    預防子宮頸癌︰子宮頸癌是女性最常見的一種惡性腫瘤，發病原因很多，其中與接觸丈夫精液中的病毒及包皮垢有關。而避孕套可以阻止精液和包皮垢進入陰道，故對子宮頸癌有一定的預防作用。

    預防性傳播疾病︰實驗證明，乳膠避孕套能夠有效地隔離性傳播疾病的一些病原體，如單純皰疹病毒、沙眼衣原體、巨細胞病毒、淋病球菌、梅毒螺旋體和艾滋病病毒等，從而可以預防通過性交傳播的一些疾病，如淋病、梅毒、艾滋病等。

    預防陰道炎、宮頸炎和盆腔炎︰在男方患有泌尿、生殖器官感染時，通過性交可以將病菌傳染給女方，從而引起陰道炎、宮頸炎和盆腔炎。使用避孕套可以阻止男方生殖器上的病菌傳染給女方，故有預防這些疾病的作用。反之，女方患有陰道炎時，避孕套也可阻止病菌傳染給男方。

    預防精液過敏癥︰精液過敏癥就是女方接觸到男方的精液時產生的一種過敏現象。在每次性交後不久，女方外陰部發癢、水腫，並感到胸悶不適、呼吸急促，有的甚至周身發癢，出現類似蕁麻疹樣的風團塊，一般１∼３小時後各種癥狀逐漸消失。精液過敏癥會影響夫婦雙方的性生活，往往使女方對性交產生恐怖感。使用避孕套以後，不讓妻子接觸丈夫的精液，這樣就不會發生精液過敏反應。

    治療不孕癥︰有一種自身免疫性不孕癥，即女子陰道接觸了精子以後，產生一種抗精子抗體，阻止卵子受精，從而導致不孕。患有這種不孕癥的婦女，如在每次性交時使用避孕套，可阻止精子抗原進入陰道，這樣就不會產生抗精子抗體，體內已經產生的抗精子抗體的滴度會逐漸下降，一般在連續使用避孕套６∼１２個月後，這些抗精子抗體就基本消失了。這時可選定一個排卵期不用避孕套性交，就可以達到受孕目的，其成功率為４０％∼６０％。