根据党的纪律检查工作在新的历史时期的方针、政策和工作重点,朱德领导中央纪委和全国各级纪委会同有关部门做了大量工作,抓住一些典型事件及时处理,以教育全党。他还常常过问中央纪委负责处理的重大案件,并按时向中央报告工作。
建国初期,有些地方的党员干部在进行征粮、收税、劝购公债、减租、土改等项工作中,往往为了单纯完成任务而强迫命令、作风蛮横,发生不少违反党的政策和党的纪律的情况,引起群众的不满。如,1950年5月31日中共中央华东局的一个通报中反映:浙江省萧山县有两个区多山产竹,耕地极少,大部分群众以造纸为业。但当地工作却忽视这一地区特点,有的村在划阶级时将槽户主划为地、富,工人划为贫雇农,劳力强、工资收入多的工人划为中农;在反霸时斗争了槽户主,而在征粮时又对没有田的手工业者派粮,无粮可缴的只好抛售土纸,使纸价暴跌,形成绝大多数槽户倒闭,大批手工业者失业,竹山荒毁殆尽。
朱德对这个通报所反映的情况十分重视,立即代中央起草了转发这个通报和对手工业政策的指示,指出:
“萧山县此种破坏手工业的行为,严重破坏了我党恢复和发展生产的根本方针,是一种自杀政策,是绝对不允许的。对负有造成此种错误之主要责任的党员干部,应给予必要的纪律处分。”“我们对手工业的政策是扶助、改进、推广和保护的政策,而不是乱划阶级、乱斗争、乱征税的破坏政策”,对各种手工业“必须严格保护,不得侵犯,否则会严重脱离群众,并大大阻碍农村经济的恢复和发展。”1952年1月,朱德又写信给毛泽东,报告一起利用职权、压制民主、诬陷好人、侵犯人权的严重事件:1950年9月间,武汉市医务部门曾有人匿名写信给毛泽东,揭发武汉市卫生局副局长宋瑛官僚主义、工作失职(拒绝接收南下大军的急症病伤员,致使个别病伤员失治而死)等错误,中央要求武汉市委负责处理,武汉市政府将来信转给卫生局党组织查处。宋瑛见信后,却认为写信人是“动机不纯,有意破坏”,臆测这封匿名信是市属第二医院的工作人员纪凯夫等三人所写,找他们核对笔迹,强迫他们承认错误。市政府党组和副市长周季方支持宋瑛“追查控告人”。在这个期间,第二医院1951年4月发生一起盗窃保险柜公款的案件,周季方、宋瑛等又蓄意嫁祸纪凯夫,命令公安局将纪逮捕,长期拘押逼供,并逮捕配制盗款所用钥匙的铜匠,逼使铜匠隐瞒真相诬陷好人。至此,他们还没有罢手,进而将盗窃案说成是“政治阴谋”,捏造证据诬陷纪凯夫是“特务”,并对向上级反映真实情况的一些党员干部进行压制打击。中共中央中南局组织部、中南局纪律检查委员会和武汉市纪律检查委员会在了解真实情况后,都对此事提出不同意见,《人民日报》还在1951年9月11日于“党的生活”专栏公开批评宋瑛、周季方压制民主、侵犯人权的错误,但问题仍得不到解决。
在中央纪律检查委员会直接干预下,1951年10月间,以中南局纪律检查委员会为主,包括11个有关单位组成联合调查组,对这一事件进行调查,终于弄清了事实真相。朱德在给毛泽东的信中说:“这样一个明显简单的事件,竟弄得如此复杂,久不得决,是由于周季方、宋瑛等人宗派主义和极端恶劣的思想品质以及武汉市委负责同志的主观主义所造成的。”“这一问题的严重,不仅是诬陷了纪凯夫,而更重要的是这样一种性质的错误,竟发生在武汉市的领导机关,而领导人直到现在尚不觉悟,故有向您报告的必要。”1952年2月3日,毛泽东和中央书记处其他成员一致同意中南局严肃处理周季方、宋瑛的意见。
2月16日,《人民日报》在头版头条报道中共中央中南局处理周季方、宋瑛等阴谋陷害案的消息,并发表社论。中南军政委员会副主席邓子恢亲自到医院慰问纪凯夫,并说:“中国共产党和人民政府是坚决保护人民检举任何政府工作人员所犯错误的民主权利的。如果有任何政府工作人员敢于向检举人进行报复,人民政府是要坚决予以制裁的,不管这种人职位有多么高,功劳有多么大。”