一是土地沙漠化面积不断扩大。全疆荒漠化土地，占全疆土地总面积的47.7%。是我国荒漠化面积最大、分布最广、危害最严重的省区，也是世界严重荒漠化地区之一。干旱少雨、沙漠、土漠、砾漠、盐漠、石漠广布，植被稀疏，无论在自然条件的影响下，还是在人为活动的干扰下，干旱的土地都极易受到风力侵蚀和堆积，成为沙漠化最敏感地区。它不但严重的危害农林牧业生产和破坏陆地交通运输，而且也是影响人工绿洲健康发展的不利因素。塔里木盆地边缘及河流下游冲积平原的沙漠化土地面积不断扩大，据专家推算，在塔克拉玛干沙漠数千公里的风沙线上，流动沙 丘每年正以5-10米的速度向西南和东南方向推进；古尔班通古特沙漠的流动沙丘，也以每年0.5-2.5米的速度向南缘绿洲扩展。每年约有666.7万亩农田遭受风沙危害，全区每年因风沙造成的直接经济损失达2.5亿元以上，人工绿洲的生态安全和正常发展受到严重威胁。   

    二是水土流失形势总体在加剧。根据全国第二次水土流失遥感调查成果表明，新疆水土流失的总面积约为10.36亿亩，占新疆国土总面积的62.4%。据近期调查评估，水蚀面积大致稳定在原来的状况，风蚀面积则有所扩大，全疆水土流失状况总体仍在恶化，但局部有所减轻。    

    三是盐渍化土壤分布广，面积大。据新疆土壤普查资料显示，新疆轻度盐渍化土壤面积占52.66%，中度者占27.87%，重度者占19.46%。按地区论，新疆耕地盐渍化具有普遍性，南疆分布面积最大，北疆次之，东疆地区最少。以行政地区论，喀什地区盐渍化面积最大，其次为阿克苏地区，昌吉州处于第三位。土壤盐渍化问题是制约农业生产水平提高和人工绿洲健康发展的重要影响因素。目前，新疆农区耕地的土地盐碱化现象，虽在逐步减轻，但总体上并未得到根本遏制，它仍是新疆当前的一个重要生态环境问题，防治的任务十分艰巨。

    四是草地面积减少、超载和退化现象严重。新疆天然草地面积5.72588亿亩，占全疆国土面积的34.44%，是自治区发展草地畜牧业的物质基础，也是新疆生态环境的一个重要组成。草地面积减少、超载和退化现象严重，已成为当前新疆最突出的生态环境问题之一。与其相反，新疆的牲畜头数却在迅速增长，草地的超载现象十分严重。1986年，新疆草地的超载率为30.36%，1999年高达47.49%，其结果必然导致草地严重退化。新疆草地除天山中山带的夏季放牧场退化不明显外，其余各地各类草地均存在不同程度的退化现象，且有不断上升的发展势头。新疆的草地退化，多出现于近水源、交通沿线和居民点周围，其中以荒漠类草地的退化现象最为严重。由于退化，新疆草地的生产量与上个世纪50年代相比，下降了30-60%，草畜矛盾日趋突出，不仅影响畜牧业的发展，还将造成土地沙化、水土流失、生物多样性丧失等一系列其它生态环境问题。

    五是河道断流，湖泊萎缩、干涸，湿地减少。新疆境内有大小河流570条，除额尔齐斯河外均为内陆河。半个世纪以来，随着人口增加和农业的发展，大量引水灌溉和拦截水源，使许多河流下游的水量减少或完全断流。塔里木河自大西海子水库以下的河道，于1972年断流，使至台特玛湖自然河道缩短了320公里。在此之前的1921年，台特玛湖至罗布泊的180公里塔里木河河段断流，直至2002年丰水期才又到达台特玛湖。克里雅河在历史上曾穿越塔克拉玛干沙漠400多公里注入北部的塔里木河，上个世纪50年代还可流至县城以北的240公里处，60-70年代河道向上退缩了100公里，至80年代中期，河水仅能流到县城北115公里左右，在此以下的河道处于无水断流的境地。30年左右的时间内，克里雅河的河道即缩短了125 公里之多。除此之外，尼雅河、且末河、安迪尔河、策勒河等河道也都有不同程度地断流和缩短现象。新疆的湖泊多为河流的尾闾湖，河道断流必然导致其萎缩或完全干涸。如罗布泊、玛纳斯湖、卓尔湖、台特玛湖、艾丁湖等，在上个世纪70-80年代也由于得不到水源补给先后干涸或基本干涸。粗略统计，全疆湖面已由20世纪40年代末和50年代初的1200万亩，缩小至目前的近700万亩，湿地面积也由2800万亩，降至目前的1480万亩，造成湿地资源大量减少或严重破坏。

    六是荒漠河岸林和灌木林面积减少，资源植物破坏严重。由于无节制的樵采、无计划的开垦和不合理的水资源利用等原因，塔里木盆地边缘的胡杨林面积已较50年代末减少了47%，木材蓄积量减少了66%。同期，塔里木河沿岸的胡杨林面积减少了62%，蓄积量减少48.9%，使河岸绿色走廊千疮百孔，生态服务功能明显降低。据20世纪50年代末期的资料，新疆准噶尔盆地天然梭梭灌木林分布面积为7500万亩。由于多年来的樵采和毁林开荒，梭梭林分布界线平均向沙漠腹地退缩了30-40公里。20世纪80年代以后，经过封育管护，在沙漠地区恢复了百万亩灌木林，但与50年代末的水平相比仍相差甚远。近年来，受市场中药材价格的驱动，采药人员猛增，任意滥采乱挖中药材的现象极为严重，使一些名贵中药材和重要资源植物遭到破坏。特别是截枝断根的采挖方式，使甘草、麻黄难以恢复生机。除此之外，对贝母、阿魏、肉苁蓉等资源植物的破坏，也有过之而无不及。

    七是生物多样性受到严重威胁。多年来的滥采滥挖，使我区资源储量迅速减少，甚至遭到毁灭性破坏。被收入我国药典的新疆阿魏和阜康阿魏，目前在产地伊宁县的拜什墩和阜康已难以采集到标本。养鹿业的发展，对野生仔鹿大量捕捉，加之偷猎肆虐，目前野生种群数量已不足20世纪70年代的1/4。渔业强度捕捞，导致自然水体的年渔获量，由上个世纪70年代的7000吨以上，下降至目前的不足5000吨。无节制地开发利用，使新疆不少生物的资源优势迅速劣变，甚至导致物种濒危与灭绝。目前，新疆已被列入《中国濒危动物红皮书》的动物有83种，约占全国濒危动物种数的15.4%。其中列入极危的动物24种，野马、赛加羚羊在野外已经绝迹，新疆大头鱼的生存亦濒临灭绝。国家环保总局在1984年颁布的珍稀濒危保护植物名录中，新疆有23种。其中7种属于二级保护对象，16种为三级保护对象。新疆的农、林、牧业发展中，大量外来物种（或品种）被引入，在丰富新疆生物多样性组成的同时，原有地方品种的遗传资源被大量流失。广泛用于养殖和种植业中的品种单一化，也导致许多具有优良特性的地方品种在逐渐丧失。人为活动的干扰和破坏及认识的局限是威胁生物多样性的重要原因。

    新疆突出的生态问题除上述以外，部分地区还存在水体污染、农村化肥污染、土壤地膜污染、矿藏开发和重大工程行为对生态环境所造成的破坏等。