巴州历史悠久。早在六、七千年前的新石器时代，这里就有了人类活动。考古发现了大量新石器文化遗存。罗布泊和且末等地都出土了3000多年前的完整古尸。楼兰古墓中出土的“楼兰美女”震惊中外。绚丽多彩的楼兰文化及其神秘的消失，至今仍让人梦绕魂牵。

巴州在古代西域政治、经济地位非常突出。西汉时期西域中36国，巴州就有楼兰、且末、焉耆、危须、小宛、戎卢、山国、渠犁、若羌、乌垒等11国。公元前2世纪匈奴征服西域后，统治西域的日逐王设的管理收税等事务的僮仆都尉，主要活动在焉耆、危须、尉犁一带。张骞出使西域，到过巴州境内不少地区，将楼兰等国情况向汉政府作了介绍。张骞出使西域后，加强了中原与西方的联系，形成了古代横跨亚洲中部东西，由中国和西方亚欧各国进行陆路贸易的商旅大道，由于中国的丝绸经此路大量西运，德国著名地理学家冯·李希霍芬称这条路为“丝绸之路”。这一美丽的称号得到了全世界的公认。

丝绸之路从中国古都长安出发，经河西走廊和古西域地区，越帕米尔高原直通中亚、西亚、南亚甚至远达地中海和欧洲……最早的丝绸之路从甘肃郭煌西行，沿汉代长城，越过盐泽（罗布泊）的北端，进入古西域的楼兰地区，沿塔克拉玛干大沙漠的边缘，分南北两道西行。南道沿塔克拉玛干沙漠南缘，经鄯善、且末、精绝、于阗、莎车等，越葱岭至古波斯高原直抵东罗马帝国。北路（后为中路）过焉耆、乌垒、龟兹、疏勒，越帕米尔高原直到时地中海东岸。两路均从巴州境内穿过，楼兰为南北道的分点及枢纽。巴州境内的丝绸之路的标志是一座座烽火台，烽火台多修筑在水草丰茂的地方且多有屯田的痕迹。根据商旅、使者一天所走路程，烽火台间距离一般为30—50公里，具有路标作用。沿着一座座烽火台走下去，便是丝绸之路。斯文·赫定在《丝绸之路》一书中记述：“经过翻译后的一封信中提到，卖给楼兰居民的丝一次就交付4326捆”。

巴州在祖国统一中发挥了重要作用。轮台、渠犁是西汉政府在西域设的最早的屯田点，管理屯田事务的使者校尉是中央政府在西域设置的最早官员。轮台、渠犁成为汉朝统一西域中的军事、粮草基地。公元前60年，郑吉是在巴州境内接受了匈奴在西域最高统治者日逐王先贤掸的投降，结束了匈奴对西域的统治，西域正式归入中国版图。西汉在西域设置了西域都护，府置即在巴州境内的乌垒（现轮台策大雅），乌垒当时成为西域首府。

东汉时期在汉匈争夺西域斗争中，巴州全境为双方拚死相争之地。班超出使的第一站，便是巴州境内的鄯善国，36壮士以“不入虎穴、焉得虎子”的气魄袭杀匈奴使者的故事震惊中外。班超、班勇父子与北匈奴争夺焉耆的战争悲壮激烈，班勇被封为西域长史，府置在罗布泊的海头古城。

三国两晋时期，西域七国称雄。巴州就有焉耆、鄯善两大国。唐朝统一西域后，焉耆为闻名中外的安西四镇之一。

巴州具有维护祖国统一的优良传统。这里有举世闻名的土尔扈特蒙古东归壮歌，有抗击大和卓后裔骚扰的英勇战斗，有反抗阿古柏血腥统治的顽强斗争，有支持左宗棠收复新疆的英雄事迹，有支援抗日战争捐款捐物的伟大贡献。

新中国成立后，各族人民在中国共产党领导下维护祖国统一，反对民族分裂，团结和睦、政通人和，在经济建设、社会进步、改革开放中取得了举世瞩目的成就。